A bandeira foi instituída através da Lei Nº 1010 de 30 de maio de 1978.

O campo da bandeira é azul celeste, tendo ao centro um triângulo eqüilátero branco, e esteticamente distribuído dentro do triângulo o Brasão de Armas.

O azul celeste representa os rios que dividem o município, a farta distribuição de águas e o céu do País. O branco representa a paz sob cuja égide o povo de Junqueirópolis deseja viver e prosperar.

O triângulo eqüilátero representa:

I – Deus, Pátria e Família – símbolo da fé, amor, Brasil e da veneração humana;

II – Liberdade, Igualdade e Fraternidade – a essência do regime democrático sob o império da lei;

III – Judiciário, Legislativo e Executivo – os três poderes que regem o município e de todos os povos cultos;

IV – As três raças colonizadoras do município – a branca, amarela e negra.