A bandeira foi instituída através da Lei Nº 1010 de 30 de maio de 1978.
O campo da bandeira é azul celeste, tendo ao centro um triângulo eqüilátero branco, e esteticamente distribuído dentro do triângulo o Brasão de Armas.
O azul celeste representa os rios que dividem o município, a farta distribuição de águas e o céu do País. O branco representa a paz sob cuja égide o povo de Junqueirópolis deseja viver e prosperar.
O triângulo eqüilátero representa:
I – Deus, Pátria e Família – símbolo da fé, amor, Brasil e da veneração humana;
II – Liberdade, Igualdade e Fraternidade – a essência do regime democrático sob o império da lei;
III – Judiciário, Legislativo e Executivo – os três poderes que regem o município e de todos os povos cultos;
IV – As três raças colonizadoras do município – a branca, amarela e negra.
